২০০৯ সালের ৫ ফেব্রুয়ারি পিলখানা বিডিআর বিদ্রোহে নৃশংসভাবে নিহত হন উর্ধ্বতন ৫৭ জন কর্মকর্তাসহ মোট ৭৪ জন। সেই হত্যা মামলায় ২০১৭ সালের ২৭ নভেম্বর হাইকোর্ট আংশিক রায় ঘোষণা করলেও পূর্ণাঙ্গ রায় প্রকাশ হয়নি এখনও। পূর্ণাঙ্গ রায়ের প্রত্যায়িত অনুলিপি পেতে আরও বিলম্ব হবে বলে জানিয়েছেন সংশ্লিষ্ট আইনজীবীরা।
২০১৩ সালের ৫ নভেম্বর ঢাকার তৃতীয় দায়রা জজ আদালত ১৫২ জন আসামিকে মৃত্যুদণ্ডাদেশ দেন। যাবজ্জীবন কারাদণ্ড পায় ১৫৯ আসামি। পাশাপাশি ৩ থেকে ১০ বছরের কারাদণ্ড পায় ২২৮ আসামি।
২০০৯ সালের ২৫শে ফেব্রুয়ারি বাংলাদেশ রাইফেলস এর সদস্যরা বাংলাদেশের রাজধানী ঢাকা পিলখানা এলাকায় অবস্থিত বিডিআর সদরদপ্তরে বিডিআর থেকে সেনাবাহিনীর কর্মকর্তাদের কর্তৃত্বের অবসান, রেশন ও বেতনবৈষম্য দূর করাসহ বেশ কিছু দাবিতে সশস্ত্র বিদ্রোহ করে। বিদ্রোহে উর্ধ্বতন ৫৭ জন কর্মকর্তাসহ ৭৪ জনকে হত্যা করা হয়, যা সারা দেশকে আতঙ্কিত করে তোলে। নিহতদের তালিকায় রয়েছেন তৎকালীন বিডিআরের মহাপরিচালক মেজর জেনারেল শাকিল আহমেদ।
সামরিক কর্মকর্তা ছাড়াও বিডিআর এর গুলিতে কয়েকজন বেসামরিক নাগরিকও নিহত হন। সদরদপ্তরের ভিতর এই হত্যাকাণ্ড সংঘটিত হয়।
২৫শে ফেব্রুয়ারি মধ্যরাতে তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা বিদ্রোহীদের সাধারণ ক্ষমা ঘোষণা করলে বিডিআর এর সদস্যদের একাংশ আত্মসমর্পণ করে। ২৬শে ফেব্রুয়ারি সকালে দেশের বিভিন্ন সীমান্ত এলাকায় অবস্থিত বিডিআর ক্যাম্পে পুনরায় উত্তেজনার খবর পাওয়া যায়। ঐদিন প্রধানমন্ত্রী জাতীর উদ্দেশ্যে দেয়া ভাষণে বিডিআরকে আবারও তাদের দাবি দাওয় মেনে নেওয়ার আশ্বাস প্রদান করেন। ২৬শে ফেব্রুয়ারি সন্ধ্যায় বিদ্রোহী বিডিআর এর সকল সদস্য তাদের অস্ত্র জমা দেন এবং বাংলাদেশ পুলিশ বিডিআর সদর দপ্তর তাদের নিয়ন্ত্রণে নিতে সক্ষম হয়।